《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》明确指出:要"逐步建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度"，"到2010年，新型农村合作医疗制度要基本覆盖农村居民"，"从2003年起，中央财政对中西部地区除市区以外的参加新型合作医疗的农民每年按人均10元安排合作医疗补助资金，地方财政对参加新型合作医疗的农民补助每年不低于人均10元"，"农民为参加合作医疗、抵御疾病风险而履行缴费义务不能视为增加农民负担"。
农村合作医疗试点工作开展以来，各地认识明确，组织有力，工作扎实，稳步推进，取得了明显的成效，受到了广大农民群众的欢迎，与此同时，中国明确扩大试点的目标和要求，加大中央和地方财政的支持力度，不断完善合作医疗资金筹集和监管机制，合理制定和调整农民医疗费用补偿方案，以推动新型农村合作医疗登上新台阶。
社会满意度低 社会保险中最基本最重要的一点就在于，它强调的不是个人成本收益的平等，而是保险金的社会满意度。新型农村合作医疗作为一种社会保险，受益的农民和政府补助资金来源的纳税人的满意度对其成功与否具有举足轻重的作用。而调查中发现一些农民不参加新型农村合作医疗主要是基于新型农村合作医疗的保障水平低，农民了解不深，怕政策有变，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了等的考虑。而参加新型农村合作医疗的农民不满主要是因为保障水平低，参加和办理报销的程序繁琐等。此外政策不公等导致新型农村合作医疗制度的社会满意度低。
保障水平低 新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。这个定义显示出新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内，这项规定使得农民实际受益没有预想的那么大。
宣传不到位 现有的宣传多集中在介绍新型农村合作医疗给农民带来的表面好处上，没有树立起农民的风险意识，也没有体现出重点，没有对那些不参加的农民进行调查，使得宣传大多停留在形式上。许多农民并不真正了解新型农村合作医疗制度的意义，他们仅从自己短期得失的角度考虑，由于自己身体好，生病住院的概率低，没有必要花那个冤枉钱。还有一些农民认为它跟以前的义务教育保证金一样，最后被政府骗走了，认为是把自己的保险金拿去补偿别人了。宣传也没有把具体的理赔标准发给农民，使得他们在理赔时，看到那么多药费不能理赔一些农民有被欺骗上当的感觉。
程序过于繁琐 首先，参加新型农村合作医疗登记程序繁琐。 其次农村合作医疗的报销程序也很繁琐。城镇居民的医保都是可以拿来抵押一部分医药费的，可以直接在卡上交医疗费的，事后再来结算。国外的医疗保险更是让医院、医生与保险公司而不是患者发生直接的利益关系。有的村庄离报帐中心和信用社很远，来回的车费都比较贵。繁琐的登记、理赔程序增加了农民许多不必要的麻烦，降低了农民的满意度。
第一层是农合保险。当地有农业人口26.9万人。区、镇、村及农民个人每年共筹资326元。参合农民在区、镇医疗机构住院可获得50%~80%的补偿，门诊就医可获得40%的补偿，其中大病统筹最高封顶线可达20万元。
第二层是意外伤害保险。在解决了疾病的问题以后，苏州市想到的是，农民发生意外伤害的医药费由谁来买单?经过和商业保险公司协商，农民每人出10元，筹资及管理由农合经办机构承担，参合农民发生意外伤害，最多可以得到6万元的补偿。
第三层是特困医疗救助。相城区共有特困人员5000多名。除了政府补偿让他们"无门槛"参合以外，发生个人承担的医疗费用后，特困救助基金承担90%，个人只出10%就行了。
(1)村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
(2)镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
(3)二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(4)三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(5)中药发票附上处方每贴限额1元。
(6)镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
(1)报销范围:
A、药费:辅助检查:心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。
B、60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
(2)报销比例:镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
(3) 大病补偿
镇风险基金补偿:凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。