台湾经过战后初期的恢复后，从1953年起进入进口替代时期，这段时期共完成了两期4年经济建设计划，第一期1953-1956年，第二期1957-1960年。其中第一期经建计划是申请美援计划，希望借着美援以加强农工建设之进行，求取自给自足。第二期经建计划则以开发资源、增加农业生产、加速工矿发展、扩展出口贸易、提高国民所得、增加人民就业、平衡国际收支为目标。伴随着台湾工农业的发展以及出口贸易的扩大，台湾招商局积极扩展，更新海轮，开辟定期航线。
1953年之后，台湾的经济恢复基本完成，但还面临人口快速增长、军费开支庞大、工业资源短缺、外汇不足的局面。针对这种情况，台湾当局决定大力发展农业，实行“以农业培植工业”的政策，采取进口替代政策，重点发展消费品工业以替代进口。“中国农村复兴联合委员会”将工作重心转向农业教育、技术推广、土地利用、水利设施兴建、农林鱼牧生产改进等方面，使农业生产年增长率大为提高。农业的发展还为工业提供了生产原料、劳动力及消费市场，农产品及农产品加工品出口赚取外汇也支援工业发展，真正实现了“以农业培植工业”的目标。
20世纪50年代末期，随着世界经济的发展，美国等先进国家欲将劳力密集产业外移，台湾当局为吸引外人投资，决定采取自由开放、鼓励出口等政策，由出口带动生产。1959年底，台湾当局制定“19点财经改革措施”，采取较自由的经贸政策、降低关税、放宽进口、单一汇率等改革。1960年，台湾当局公布“奖励投资条例”，以减免租税方式吸引外资来台。在这些优惠政策及措施的吸引下，美国、日本两国前来台湾投资，台湾成为美、日两国的加工基地。1963年，台湾对外贸易首次出超，开始有了外汇累积。1963年，台湾工业产值比重超过农业。1968年，台湾制造业产值超过农业，台湾逐渐由农业社会转为工业社会。60年代是台湾经济发展的黄金时期，因加工出口工业发展而产生的经济高速增长，被诸多经济学家称为台湾经济起飞时期。
台湾招商局自“海明”、“海上”开辟台美航线之后，远洋业务日趋活跃。但前此所建造的新船主要用于不定期货运，航速较低，容积较小，设备较差，不适宜定期航运。“海健”和“海行”则马力大、航速高，有三层甲板，载货容积大，起货设备先进完善，并且还配有冷冻舱及货舱通风除湿设备，完全适应远洋定期货运。
1963年，台湾交通当局要求台湾招商局自1964年4月份开始，香蕉必须用冷藏船承运。香蕉改用冷藏船来装运，可保证水果的新鲜，增加外销竞争的优势，这是台湾香蕉出口的需要，台湾招商局作为台湾公营航业公司，只好带头执行。
1964年1-2月间，台湾招商局开始询价时，虽然有14艘冷藏船在市场求售，但能够合于上述五项条件者，只有挪威籍“Benfruit”轮最为适合。该船1948年造，可载香蕉约2.2万篓，经议定以162,500英镑的价格成交，原拟交船地点为香港，后改为基隆，另由台湾招商局加付卖方2,000英镑作为补偿。该船于1964年3月13日在基隆接收，命名为“海仁”，该船排水量为9,793.91吨，载重13,607.00吨，速率14.5节，3月21日开往高雄装香蕉，正式加入台日定期航线。
表5-11954-1964年度台湾招商局船舶登记数
单位：艘、吨
年份
台湾各航业公司总数
台湾招商局
艘数
总吨位
载重吨
1954
107
313,604
409,451
42
147,975
175,176
1955
94
286,352
392,841
33
115,562
145,406
1956
87
288,921
402,334
34
133,723
174,049
1957
85
286,953
404,083
129,890
170,917
1958
83
288,867
450,416
111,485
186,118
1959
77
288,497
415,820
27
122,038
172,925
1960
347,172
503,586
23
115,231
164,555
1961
96
431,097
636,317
29
141,276
200,915
1962
103
485,977
691,866
24
124,744
176,568
1963
105
533,626
761,459
21
121,276
171,158
1964
124
628,547
885,632
149,991
214,048
从1954年到1964年，台湾招商局建造购买轮船的同时，也因原有船舶老旧而拆售淘汰旧船。台湾招商局自1956年第一艘油轮“海光”号建成以后，至1964年底，前后9年，总共新建船舶9艘，计66,485总吨，增购现成船9艘，计64,837总吨。台湾招商局的船舶数量从1954年的42艘下降为1964年的24艘，但台湾招商局船舶的总吨位和载重吨却没有减少，反而呈上升的趋势，这说明台湾招商局的船舶的规模有了长足的发展。
同时，我们还可以看到台湾招商局在台湾航业公司的实力有所下降。1964年，台湾招商局的船舶数量仅占台湾各航业公司的19.35%，而总吨位和载重吨也仅为23.86%和24.17%。公营航运公司台湾招商局的实力的下降，说明了台湾民营航运公司逐步发展壮大。
表5-21961-1964年台湾招商局船龄统计表
航速（海里）
船龄（年）
1962年世界平均记录
13.1
13.6
1962年台湾平均记录
10.6
1964年6月台湾平均记录
17
台湾招商局平均记录
1961年1月
11.8
12.15
1962年1月
12.7
11.1
1963年1月
13.0
1964年1月
13.8
10.1
1964年6月
14.3
10.7
船舶年龄代表其潜在力，船龄年轻的，其潜力则大，其性能也优越于其他船只。台湾招商局经过汰旧换新计划，其航行速度及船龄在世界航运中占有一席之地。
随着台湾工业及对外贸易的发展，不定期航线已不能满足需求，台湾招商局配合台湾经济发展，开辟东南亚与美东、美西等定期航线。定期航线的运行，对船舶的性能、公司的组织以及承载率等，都有较高的要求，无疑将提高运营成本。东南亚与美东、美西等定期航线的开通，并非只是纯属定期船与远洋航线的经营而已，而是与台湾工业发展有密切关系。
台湾的生产飞速发展，除供内销外，已有外销能力，如棉制品、毛织品、人造纤维、面粉、铝制品、平板玻璃、纸、药品、自行车等小型工业产品，都在谋求外销市场。但当时除了台日、高雄香港等航线为公有轮船定期船外，其他航线都依靠外国定期船装运。而外国船只运费比较高，加上外轮船期不可靠等因素，使得出口企业深感困扰。因此，台湾当局决定只有开辟自营的定期航线，才能彻底解决问题，经过联营总处的协调，主要航运业者开始进行定期的规划，最后终于规划出三条定期航线：分别驶往东南亚、美东、美西等地。在这些航线的开辟中，台湾招商局扮演最重要的角色。
表5-31954-1964年台湾招商局各航线货运统计表
单位：吨
总计
台日线
日台线
远洋线
近海线
环岛线
885,400
145,620
149,861
388,488
152,859
48,572
889,930
235,436
152,109
404,589
79,561
18,235
1,067,824
133,836
174,907
675,806
82,992
283
1,515,754
187,009
167,786
1,095,829
64,830
300
1,120,034
153,108
156,724
750,778
57,573
1,851
1,071,986
171,520
114,303
648,633
121,624
15,906
934,536
154,004
84,495
588,015
103,403
4,619
1,009,862
172,956
84,338
604,286
147,926
356
1,033,335
152,023
85,586
639,278
156,438
10
922,679
157,447
82,524
562,629
119,499
580
1,129,198
179,064
85,819
755,999
107,156
1,160
表5-41954-1964年台湾招商局运输货物种类表
糖
盐
麦
香蕉
肥料
矿砂
豆类
油类
83,753
62,385
69,753
5,293
93,904
123,158
34,603
68,690
75,885
65,150
18,685
3,778
103,565
152,403
31,495
51,711
41,115
36,711
23,517
3,353
144,281
172,798
28,409
298,370
76,463
44,013
28,821
4,120
108,266
246,381
28,700
647,791
51,160
34,403
55,886
6,876
117,728
119,033
74,608
375,279
129,953
56,650
61,597
5,681
71,716
58,922
61,197
250,621
143,147
41,216
36,958
5,908
56,101
110,252
37,908
252,482
114,470
33,476
32,770
16,300
42,902
65,578
39,906
292,667
143,827
31,704
19,727
8,025
43,997
124,556
50,977
317,170
100,356
36,528
54,001
11,461
38,873
124,976
34,759
250,449
118,533
70,892
69,266
25,164
23,123
93,059
87,148
251,853
台湾招商局作为台湾的公营航业公司，此阶段还维持其在台湾各航运公司的重要地位。台湾招商局所运输货物占台湾各航业公司的运输货物的比重，1964年最低，占22.63%，但1957年高达55.12%。台湾招商局的货运还是以远洋运输为主，其货运海里数最低也占全台湾航业公司货运海里数的三成以上，更有一半的年份超过五成。这足以说明台湾招商局在台湾各航业公司中具有雄厚的实力，远非其他航业公司所能比拟。
表5-51954-1964年台湾招商局与台湾各航业公司货运对比表
台湾各航业公司
台湾招商局所占比例
总货运吨数
（1）
总延吨海里
（2）
货运吨数
（3）
延吨海里
（4）
%
（3）/（1）
（4）/（2）
2,125,332
6,513,666,138
4,110,494,917
41.66
63.11
2,215,678
8,215,337,233
4,417,002,288
40.17
53.77
2,181,121
8,360,298,988
5,037,737,844
48.96
60.26
2,749,875
9,317,539,166
5,715,041,915
55.12
61.34
2,433,178
9,002,344,658
5,049,991,067
46.03
56.10
2,545,735
9,645,922,997
5,453,256,871
42.11
56.53
2,795,738
11,760,357,673
5,475,543,843
33.43
46.56
3,195,074
14,780,510,142
5,534,122,750
31.61
37.44
3,568,241
16,954,885,905
5,557,911,125
28.96
32.78
3,873,317
15,045,936,711
4,600,255,687
23.82
30.57
4,989,383
20,993,514,345
6,299,795,388
22.63
30.01
台湾招商局在台湾航业中占有重要地位。我们通过表5-6可以看出，在这11年中，台湾招商局有6年盈余，5年亏损。这6年虽有盈余，但盈余较少，6年的盈余累计都不能弥补1964年的亏损。由表5-6的统计可以看出，台湾招商局的营业外支出占有重要比重。如果去除营业外支出不算，除个别年份外，台湾招商局的营业收入基本可以满足营业支出，并有所盈余。可以说，营业外支出是导致台湾招商局亏损严重的重要因素。台湾招商局的亏损，终于在1962年度的营业决算时暴露无遗，当时台湾有关当局对台湾招商局的财务危机相当震惊。
表5-61954-1964年台湾招商局营业收支表
单位：千元新台币
收入
支出
盈亏
收入总计
营业收入
营业外收入
营业支出
营业外支出
115,904
108,035
7,869
132,136
106,739
25,397
-16,232
136,815
132,628
4,187
132,496
103,414
29,082
4,319
233,767
208,246
25,521
206,734
163,147
43,587
27,033
271,975
260,719
11,256
261,465
222,200
39,265
10,510
229,754
221,847
7,907
253,260
217,675
35,585
-23,506
307,138
281,896
25,242
305,638
259,801
45,837
1,500
327,112
296,244
30,868
321,903
274,753
47,150
5,209
380,663
354,222
26,441
375,281
323,275
52,006
5,382
345,984
330,287
15,697
429,078
334,336
94,742
-83,094
332,068
289,382
42,686
382,604
295,438
87,166
-50,536
416,490
408,157
8,333
500,254
401,614
98,640
-83,764
其实台湾招商局隐伏的危机，由来已久。台湾招商局迁台之初，船舶大多破旧不堪，不宜于远洋航行；员工众多，需要维持生活；美贷船债，加重负担；缺乏国际营运经验，恰逢国际航运低潮。虽然借助朝鲜战争的机遇，台湾招商局有所发展，积极拓展航线，有所盈余。1956年，苏伊士运河事件所形成的国际运价高潮，只是昙花一现，此后台湾招商局便一蹶不振。台湾招商局的盈余远远不能满足其支出。
表5-7台湾招商局执行台湾当局政策的历年额外负担
单位：新台币元
停航船费用
储备员工费用
合计
1950年
6,676,265.33
-
1951年
17,018,615.40
1952年
13,810,130.88
1953年
10,555,693.66
336,727.56
10,892,421.22
1954年
4,428,658.50
4,943,686.14
9,372,344.64
1955年
5,279,727.41
4,213,872.95
9,493,600.36
1956年
16,030,177.11
4,212,843.54
20,243,020.65
1957年
9,828,014.68
4,657,497.11
14,485,511.79
1958年
7,017,145.46
4,562,049.16
11,579,194.62
1959年
5,228,937.63
5,291,725.89
10,520,663.52
1960年
3,103,984.40
7,956,511.25
11,060,496.01
1961年
3,728,978.40
7,945,472.54
11,674,450.94
1962年上半年
1,131,460.91
3,217,643.95
4,349,104.86
103,837,790.13
47,338,030.09
151,175,820.22
随着亏损的加剧，以及过后海事案件的发生，也促使台湾交通当局决心介入台湾招商局的整顿。1963年5月10日，台湾“行政院”正式同意台湾交通当局所提出的成立台湾招商局整顿专案委员会，聘请专人检讨经营亏损的原因，要求在6个月内完成整顿方案草案的研订。
专案委员会以清除台湾招商局营运上违反企业化经营的不利因素，并使其适应日渐竞争的航运市场为目标，经过研讨，拟订方案，包括以下内容：
（1）台湾招商局仍照旧维持，但分为两个机构：旧机构停止营运，清理债务；船舶出租给新机构，由新机构营运，向旧机构交纳租金，两者截然划分。
（2）新机构也属公营，力争组织精简，待遇与民营相同，无债务及人事困扰，在整顿条例许可范围内，赋予充分权力，从事企业经营，解除现行法令的拘束，暂定试行5年。
（3）旧机构收入租金，除另列预算支付维持费用外，余款悉作偿债基金，按年解库，负债均由台湾当局分年投资清偿。
从上述的内容中可以看出，该方案企图以具有高度工作效率且不受债务困扰的新公司取代台湾招商局，而两者间只维持租赁关系，以摆脱台湾招商局公营色彩的体制束缚。这可以说是后来阳明海运公司诞生的发端。
整顿委员会的意见，经过不同层次的讨论之后，台湾“行政院”在1964年12月31日的会议中作出决议，原则通过台湾招商局整顿方案（但新机构仍未考虑），并于1966年开始执行整顿案，首先精简编制、紧缩人员，并积极力求营业发展，积极建造新船争取营运。然而初期的整顿案成效并不如预期，才促使台湾招商局的新整顿案的实施。
台湾现代经济的起步，是在战前台湾工业化和战后经济重建的基础上进行的。经过光复后长达7年的复苏期，从1953年起，台湾经济重新步入成长期。在美国的经济援助下，台湾经济从困境中解脱出来，逐步走上依附于“美援”的发展道路。这一时期，台湾开始贯彻“以农业培养工业，工业发展农业”的基本政策，促进了农业的扩张和进口替代工业的建立，为社会经济的后续发展奠定了基础。
伴随台湾经济的稳定增长，台湾招商局更新大量海轮，实力得到长足的发展。台湾招商局无论在轮船的吨位上，还是在货运方面，都在台湾航业中占据重要位置。经营方式也由远洋不定期航线逐渐开辟为定期航线，先后开辟了东南亚、美东、美西定期航线，其目的在配合经济发展的需求。台湾招商局对外航运，在一定程度也促进台湾对外贸易发展，也促进了台湾经济的增长。但海轮的更新，都由台湾招商局自行筹措费用，或拆解或出售旧船，或借债及以分期付。台湾招商局因船只老旧，替台湾当局偿还美债，与更新海轮的债务负担，导致了自身的财务危机。台湾招商局虽然力争整顿，但初期的整顿案成效并不如预期，未能从根本上解决所存在的问题。