由于建筑工程保险的保险标的包括物质损失部分和第三者责任部分，对于物质损失部分要确定其保险金额，对于第三者责任部分要确定赔偿限额。此外，对于地震、洪水等巨灾损失，保险人在保险单中也要专门规定一个赔偿限额，以限制承担责任的程度。
一、物质损失部分的保险金额
建筑工程保险的物质损失部分的保险金额为保险工程完工时的总价值，包括原材料费用、设备费用、建造费、安装费、运保费、关税、其他税项和费用以及由业主提供的原材料和设备费用。
各承保项目保险金额的确定如下：
（一）建筑工程的保险金额为工程完工时的总造价，包括设计费、材料设备费、施工费、运杂费、保险费、税款及其他有关费用。一些大型建筑工程如果分若干个主体项目，也可以分项投保。如有临时工程，则应单独立项，注明临时工程部分和保险金额。
（二）业主提供的物料和项目。
其保险金额可按业主提供的清单，以财产的重置价值确定。
（三）建筑用机器设备。
一般为承包商所有，不包括在建筑合同价格内，应单独投保。这部分财产一般应在清单上列明机器的名称、型号、制造厂家、出厂年份和保险金额。保险金额按重置价值确定，即按重新换置和原机器装置、设备相同的机器设备价格为保险金额。
（四）安装工程项目。
若此项已包括在合同价格中，就不必另行投保，但要在保险单中注明。本项目的保险金额应按重置价值确定。应当注意的是，建筑工程保险承保的安装工程项目，其保险金额应不超过整个工程项目保险金额的20％。如超过20％，应按安装工程保险的费率计收收保费。如超过50％，则应单独投保安装工程保险。
（五）工地内现成的建筑物及业主或承包商的其他财产。
这部分财产如需投保，应在保险单上分别列明，保险金额由保险人与被保险人双方协商确定，但最高不能超过其实际价值。
（六）场地清理费的保险金额应由保险人与被保险人共同协商确定。
但一般大的工程不超过合同价格或工程概算价格的5％，小工程不超过合同价格或工程概算价格的10％。
二、第三者责任保险赔偿限额
第三者责任保险的赔偿限额通常由被保险人根据其承担损失能力的大小、愿意及支付保险费的多少来决定。保险人再根据工程的性质、施工方法、施工现场所处的位置、施工现场周围的环境条件及保险人以往承保理赔的经验与被保险人共同商定，并在保险单内列明保险人对同一原因发生的一次或多次事故引起的财产损失和人身伤亡的赔偿限额。该项赔偿限额共分四类：
（一）每次事故中每个人的人身伤亡赔偿限额为人民币2～5万元；
（二）每次事故人身伤亡总的赔偿限额。可按每次事故可能造成的第三者人身伤亡的总人数，结合每人限额来确定。
（三）每次事故造成第三者的财产损失的赔偿限额。此项限额可根据工程具体情况估定。
（四）对上述人身和财产责任事故在保险期限内总的赔偿限额。应在每次事故的基础上，估计保险期限内保险事故次数确定总限额，它是计收保费的基础。
三、特种危险赔偿限额
特种危险赔偿指保单明细表中列明的地震、洪水、海啸、暴雨、风暴等特种危险造成的上述各项物质财产损失的赔偿。赔偿限额的确定一般考虑工地所处的自然界地理条件、该地区以往发生此类灾害事故的记录以及工程项目本身具血的抗御灾害能力的大小等因素，该限额一般占物质损失总保险金额的50－80％之间，不论发生一次或多次赔偿，均不能超过这个限额。